Le `Toyota 4Runner III facelift 1999` reste un N180, mais gagne des évolutions d'équipement et, sur les Limited 4x4, la boîte de transfert Multi-Mode qui permet de rouler en 4HI avec différentiel central déverrouillé. La gamme conserve le `2.7 3RZ-FE` à chaîne et surtout le V6 `3.4 5VZ-FE` de `183 ch`, associé à une boîte manuelle ou à l'automatique A340. Pour l'entretien du Toyota 4Runner, le V6 doit recevoir courroie de distribution, pompe à eau, galets, tendeur et liquide de refroidissement autour de `90 000 miles` ou `144 000 km`; le 3RZ-FE demande huile régulière, refroidissement propre, allumage et chaîne silencieuse. Sur automatique, remplacer préventivement le radiateur ou isoler le refroidisseur d'ATF limite le risque de mélange coolant/ATF. Les priorités de long terme sont rotules inférieures, biellettes, silentblocs, soufflets de cardans, crémaillère, ponts, transfert, croisillons, joints de pont arrière, vitre de hayon, canalisations de frein/carburant et corrosion des longerons arrière, traverses et supports de suspension.